El Ninjutsu consta de un currículum extenso de técnicas y métodos basados en el combate durante la época feudal de Japón. Hatsumi sensei heredó en total nueve linajes marciales antiguos de su maestro Toshitsugu Takamatsu. Takamatsu sensei heredó los nueve linajes marciales de tres diferentes maestros con quienes desarrolló una relación de alumno y maestro respectivamente.
Seis de los linajes marciales son de raíz Samurai y tres son de raíz Ninja. Cada uno de los linajes cuentan con su distintivas tácticas y métodos de combate, sin embargo, el currículum de la Bujinkan es estudiar la base y los principios comunes de los linajes marciales.